Il chiostro era l'atrio della cappella della Compagnia dei Disciplinati di San Giovanni Battista, detto dello Scalzo, fondata nel 1376.
Il grande pittore fiorentino Andrea del Sarto affrescò a più riprese, dal 1509 al 1526, le pareti del chiostro con scene monocrome rappresentati la Vita del Battista e le Virtù.
Due episodi della serie furono eseguiti dal Franciabigio, in occasione dell'assenza di Andrea del Sarto.